Fue nombrado académico de la Real de Bellas Artes, de Madrid, y en 1789 (a los cuarenta y tres años) pintor de cámara, por Carlos IV, cargo en el que continúa durante el brevísimo reinado de José Bonaparte, y luego con Fernando VII. El estilo suave y adulador dejará paso a una nueva manera de trabajar.
Observando el desarrollo de su obra, un factor esencial en su evolución artística lo constituye la sordera, producto de una extraña y repentina enfermedad que padeció en 1792, la cual lo dejó temporalmente ciego y permanentemente sordo. Se dice que fruto de dicho padecimiento y su secuela en la sordera, Goya se concentró en su carácter interior.
Al fallecer su cuñado en 1795 se iniciará la relación con los Duques de Alba, especialmente con Doña Cayetana, cuya belleza y personalidad cautivarán al artista. Cuando ella enviudó, se retiró a Sanlúcar de Barrameda y contó con la compañía de Goya, realizando varios cuadernos de dibujos en los que se ve a la Duquesa en escenas comprometidas. De esta relación surge la hipótesis de que Doña Cayetana fuera la protagonista del cuadro más famoso de Goya: la Maja Desnuda.
En 1798 el artista realiza la llamada Capilla Sixtina de Madrid para emular a la romana de Miguel Ángel: los frescos de San Antonio de la Florida, en los que representa al pueblo madrileño asistiendo a un milagro. El contacto con los reyes va en aumento hasta llegar a pintar La Familia de Carlos IV, en la que el genio de Goya ha sabido captar a la familia real tal y como era, sin adulaciones ni embellecimientos. En esta última fecha comenzó a hacer grabados a partir de la obra de Velázquez que, junto con la de Rembrandt, sería su principal fuente de inspiración durante toda su vida.
Pero existía, por otro lado, el Goya privado, el verdadero artista, el que aflora con furiosa determinación en 1799. Primero con sus grabados y posteriormente con las extrañas pinturas negras que decoraban las paredes de su quinta a orillas de Manzanares.
Los sucesos sociopolíticos que atravesó España desde finales del XVII a principios del XIX fueron un punto importante en el desarrollo de la obra de Goya. Con un agudo espíritu crítico, el artista fue seducido por la difusión que proporcionaban las nuevas técnicas de grabado, debido a que en su momento, era el único medio de reproducción masiva de imágenes con calidad.
Los primeros años del siglo XIX transcurren para Goya de manera tranquila, trabajando en los retratos de las más nobles familias españolas, aunque observa con expectación cómo se desarrollan los hechos políticos. En 1824 emigra a Burdeos, volviendo a Madrid en 1826, para regresar a la ciudad francesa donde muere el 16 de abril de 1828, a los 82 años de edad.