Fox Mulder (David Duchovny) está barbón, lejos del FBI y aunque sigue recolectando recortes con noticias de ovnis o extraterrestres, prefiere seguir con la existencia solitaria del incomprendido, en vez de volver a las andadas de tantos casos extraños y archivados: los expediente secretos X, que fueron una exitosa serie de televisión entre 1993 y el 2002 y que ya tuvo, en 1998, una película. Esta es la segunda.
Su compañera de siempre, la doctora Dana Scully (Gillian Anderson), está abocada a la medicina y su interés lo tiene un niño enfermo y postrado y con meses de vida, a menos que ella lo saque adelante con nuevas técnicas y operaciones. La doctora Scully también está retirada de la búsqueda de fenómenos paranormales y de tanto mirar la oscuridad, que es una de sus frases favoritas.
El problema de "Los expedientes secretos X: Quiero creer", y de Mulder y Scully, es que no hay razones para volver, porque es preferible el buen retiro o trabajar de médico en un hospital, antes que intentar reproducir un fenómeno pasado y que renace lánguido y agotado, porque ya tuvo lo que tuvo, su ciclo se cumplió y debiera estar como la mayoría de los casos que investigaron: sellados, ocultos en un armario, definitivamente archivados.
En vez de permanecer lejos de las pistas, regresan y se convencen mutuamente de lo acertado de la decisión, pese a lo esmirriado de un caso que parte con la desaparición de una policía y las pistas que entrega el sacerdote Joseph (Billy Connolly), pedófilo rematado y alguien con poderes síquicos porque se concentra y ve lo que nadie ve: rostros, voces, casas.
La investigación sigue por dos aguas: las de Mulder y las de Scully. Mulder, psicólogo de mente, tiende a creerle al cura, porque sus pistas dan resultados. Scully, que siempre ha sido dura, ve al cura y se exaspera porque no puede dejar de pensar en los monaguillos que fueron sus víctimas. Mulder, un hombre de cabeza abierta, sigue escuchando a Joseph, aunque sus visiones son algo ambiguas, pero así son los síquicos, como todo el mundo sabe. Él no lo juzga porque no es su papel, además Joseph ya fue juzgado y sancionado por quien correspondía. Scully sigue con los monaguillos entre ceja y ceja. Mulder empieza a descubrir cosas gracias a las visiones del cura: hay tráfico de órganos humanos y unos rusos en el horizonte. Fox Mulder, a la larga, volverá a su cabaña, seguirá como ex agente y le encontrará su lado bueno al retiro. El cura era realmente un síquico de primera. La razón, sin embargo, siempre estuvo junto a Dana Scully: es que fueron 37.