En la ciudad de Stamford, en Connecticut, un grupo de jóvenes héroes llamados los "Nuevos Guerreros" graba un reality show donde persiguen a tres villanos. Durante el rodaje, y tras una persecución, la situación se descontrola y "Nitro", uno de los súpervillanos crea una explosión a la salida de una secundaria, produciendo gran devastación y muertes en el lugar.
La tragedia genera indignación en la población y la política de Estados Unidos. Por lo mismo el Congreso propone un Acta de Registro de Superhéroes. Iron Man está a favor de este proyecto de ley y trata de unir a la mayor cantidad de súperhumanos a su lado. Por otro lado, S.H.I.E.L.D. le propone al Capitán América encabezar un grupo que persiga a los superhéroes que no quieran suscribirse al acta. Steve Rodgers se opone y se le reconoce públicamente como rebelde.
La población, tras lo que sucedió en Stamford, está enojada con los héroes y se producen una serie de ataques y altercados. Un ejemplo de ellos es la agresión que sufre "Johnny Storm"/"Antorcha Humana" y que lo deja en el hospital.
Spiderman se une a Iron Man, y protagoniza uno de los momentos más impactantes del cómic: revela su identidad como "Peter Parker".
El primer enfrentamiento entre ambos bandos liderados por Iron Man y Capitán América, respectivamente se produce cuando el equipo del héroe patriota cae en una trampa y es atacado por los aliados de "Tony Stark".
Un extraño y descontrolado Thor (que finalmente es un clon creado por Hank Pym/Ant-Man y Reed Richards/Sr. Fantástico) se une a la batalla y mata a "Goliath", uno de los integrantes del equipo de Capitán América. Esto último marca el primer gran hito que da inicio a la Guerra Civil.