De Alejandro Amenábar, Bardem es Ramón Sampedro, un nadador que tras un accidente pierde la movilidad de todo su cuerpo. Dependiente de los cuidados de su familia, pide que se le aplique la eutanasia y se le otorgue el derecho a una muerte digna. Ganó el premio Goya como mejor actor y la Copa Volpi del Festival de Cine de Venecia.

Dirigida por Michael Mann y protagonizada por Tom Cruise y Jaime Foxx. Bardem hizo un papel muy pequeño, en el que interpreta a Félix, quien contrata a un asesino a sueldo, caracterizado por Tom Cruise. Aunque la crítica consideró que este personaje poco tenía que ver con la carrera que Bardem llevaba. Sin embargo, se defendió diciendo al diario “El Siglo Torreón” que “nunca había participado en una de estas producciones de Hollywood en las que se gastan millones de dólares. Sentía curiosidad por vivir una experiencia cinematográfica que no conocía”.

Dirigida por Fernando León Aranoa. En esta película, Bardem interpreta a uno de un grupo de amigos desempleados mayores de 40, que ven muy improbable la posibilidad de reinserción laboral y  se juntan a conversar sobre sus nuevas vidas. Es una crítica social que muestra lo cruel del sistema laboral y la amistad a prueba a prueba de todo. Ganó un Goya por la mejor actuación masculina.

De John Malkovich, Javier interpreta a un joven policía que debe capturar a un líder guerrillero y vivir inmerso en la violencia, pero sus planes cambian cuando conoce a una bailarina de ballet con quien debe vivir su historia de amor en medio del caos.

Dirigida por Julian Schnabel y coprotagonizada por Johnny Depp. Está basada en la vida del escritor cubano Reinaldo Arenas, interpretado por Bardem, quien luego de participar en la Revolución Cubana es exiliado y muere en Nueva York en 1990. Ganó la Copa Volpi del Festival de Cine de Venecia y logró su primera nominación al Oscar como mejor actor principal. Esta es la película que definitivamente lo posiciona como un actor de fama mundial.

Dirigida por Manuel Gómez Pereira, y protagonizada por Victoria Abril y Javier Bardem. En este film interpreta a Javier, un guionista exitoso que es adicto a las historias eróticas que una mujer le cuenta por teléfono. Cuando decide ir a una terapia grupal conoce a Miranda una adicta al sexo, interpretada por Abril. Al final resulta una jornada de equivocaciones, en que nada podría terminar bien.

Dirigida por Pedro Almodóvar, Bardem interpreta a David, un agente de policía que queda parapléjico en un incidente en el departamento de Elena, una desconocida. Ella, dominada por al culpa, decide casarse con David, pero Víctor, vecino de Elena, decide recuperarla. En esta película vuelve a compratir roles con Penélope Cruz y con Pilar Bardem, su madre. Es nominado al Goya de ese año, peor no lo obtiene.

Por Bigas Lunas y coprotagonizada por Penélope Cruz, Bardem hace de Raúl, un trabajador de una fábrica de jamón que es contratado para seducir a Silvia, la hija de una prostituta que queda embarazada del hijo de un acaudalado dueño de una fábrica de ropa interior. Esta película lo consolidó como una prometedora estrella del cine español.

De Alex de la Iglesia y coprotagonizada por Rosie Pérez, Javier es Romeo, un hombre de pasado oscuro, quien de pronto se encuentra con Perdita Durango, una mujer que lo suyo es hacer daño y que no le importa matar  si fuese necesario. Juntos inician una en la frontera entre México y Estados Unidos, sumando crímenes y enemigos.

Dirigida por Pedro Almodóvar. En esta película comparte roles con Victoria Abril y Miguel Bosé, se trata de la producción más conocida de España en los últimos tiempos, tanto por su historia, sus actuaciones como por su banda sonora. Bardem hace de un regidor de televisión que dirige a la lectora de noticias. A pesar de que su actuación es muy secundaria, trabajar por primera vez con  Pedro Almodóvar le dio un aire de triunfos a su carrera.