Desde su implementación en 2016, la gratuidad en la educación superior, que buscaba ampliar el acceso a instituciones a alumnos de menores recursos, también ha significado un desafío financiero para los planteles que adscriben a ella, debido a que el monto que paga el Estado (los llamados aranceles regulados) no siempre cubren el costo real de la formación. Según cifras de la Subsecretaría de Educación Superior, 1.448.826 personas han accedido al beneficio en estos casi 10 años. Con todo, se ha reflejado una preocupante evolución del déficit financiero en las instituciones de educación superior adscritas a la gratuidad entre 2016 y 2023. Mientras en 2016 el déficit llegaba a los $1.391 millones, la cifra ha aumentado de forma sostenida y alarmante a lo largo de los años, alcanzando los $64.113 millones en 2023.
