Desde su implementación gradual a partir de 2016, el SAE ha sido objeto de numerosos cuestionamientos. Los adherentes al algoritmo sostienen que puso fin a prácticas de selección arbitrarias, pero sus detractores han criticado que restringió la libertad de elección de las familias y terminó asignando vacantes mediante un mecanismo percibido como aleatorio —apodado como la "tómbola"— en aquellos establecimientos con más postulantes que cupos. La reforma a este sistema responde a uno de los principales compromisos de campaña del Presidente Kast en materia educativa. Según participantes de las conversaciones en torno a la mencionada propuesta, durante la elaboración de la iniciativa se evaluaron al menos dos caminos. El primero consistía en mantener el SAE actual, pero incorporando modificaciones internas, especialmente nuevos criterios de priorización vinculados al mérito académico. En esa línea, en el texto figurará la posibilidad de que los colegios puedan considerar criterios asociados a su proyecto educativo, incluyendo el rendimiento académico desde 7º básico, entrevistas o asistencia.
