Principales aliados (Según Ministerio de Defensa de EE.UU.)
Jemaah Islamiya (Indonesia): Autores del atentado que cobró la vida de 180 personas tras una explosión en las afueras de un club nocturno en Bali en octubre de 2002.
Abu Sayyaf (Filipinas): Está ligado a Al Qaeda hace al menos nueve años. Tiene respaldo en la región sur del país, donde existen también movimientos independentistas musulmanes pacíficos.
Grupo Islámico Armado (Argelia): GIA busca establecer un Estado islámico en este país. En 1993, lanzó una campaña contra la presencia de extranjeros en el país, que hasta ahora ha cobrado un centenar de víctimas.
Liga Partisana o Asbat al Ansar (Líbano): Su objetivo es derrocar al gobierno libanés y eliminar la "contaminación occidental" del país.
Grupo Islámico o Al Gama'a al Islamiya (Egipto): Es la guerrilla más grande del país, formada a fines de los setenta, y que tiene ramificaciones en diversos países. Después de acordar un cese al fuego que su líder espiritual luego desestimó, el grupo se escindió entre quienes deseaban mantenerse en paz y los que querían seguir el llamado de Bin Laden a atacar objetivos estadounidenses.
Grupos más pequeños, financiados o apoyados por Al Qaeda, son la Unión Islámica, que desea establecer un Estado islámico en Somalía, anexando además parte de Etiopía, y diversos movimientos de Jihad en Sudán, Arabia Saudita, Yemen, Eritrea, Bosnia, Croacia, Albania, Tunisia, Tajikistán, Azerbaiyán, Cachemira en India y Chechenia.