La presencia de las nuevas variantes del SARS-CoV-2 en el país ha aumentado la preocupación respecto a su detección oportuna, especialmente en un contexto complejo de la pandemia, que incluso ha llevado al Gobierno a aumentar las medidas restrictivas para desplazamiento.
Hasta ahora, y según el último reporte de las variantes entregados por el Minsal -con datos hasta el 26 de marzo-, son seis las variantes detectadas en el país, cuyos casos se focalizan principalmente en la británica B117 (64 casos) y la brasileña P1 (45).
Si bien desde el inicio de la pandemia Chile ha realizado secuenciación genómica, por estos días las autoridades han enfatizado en que se busca ampliar el rango. Según los datos aportados la semana pasada por la subsecretaria de Salud Pública, Paula Daza, el país hace una vigilancia genómica de 0.12%, mientras que el país que más lo hace es Inglaterra, con 6%, mientras que Estados Unidos, dijo al comparar, lo hace en 0,4%.
Por eso, es que se ha puesto en marcha una acción conjunta con el Minsal, el Instituto de Salud Pública (ISP) y el Ministerio de Ciencias, para que se incorporen más laboratorios universitarios a esta tarea. La idea, es llegar a 500 muestras semanales.
La idea es avanzar "no sólo con las que se realizan en aeropuerto, sino que también de las que ya estamos haciendo en pacientes UCI, y en situaciones particulares de brotes", indicó Daza.
Ayer, en el balance del covid, el ministro Paris sostuvo que las instituciones sanitarias están realizando las investigaciones pertinentes para constatar ese supuesto. "La verdad es que nosotros hemos dicho que el Instituto de Salud Pública (ISP) está secuenciando todas aquellas sospechas de variantes y hasta el momento, se han detectado principalmente dos variantes, la brasileña y la británica".
En esa línea, comentó "nosotros estábamos haciendo 176 secuenciaciones a la semana y para la próxima, gracias a la colaboración del ministerio de Ciencias y del ministro, Andrés Couve, y sobre todo de varios laboratorios universitarios que se han adherido a esta búsqueda, vamos a secuenciar 500 muestras semanales para tratar de pesquisar cualquier cepa nueva o cepa extraña que pueda explicar el aumento de casos".
Más temprano ayer sábado, el presidente del Colegio Médico de Valparaíso, Ignacio de La Torre, sostuvo en La Estrella de Valparaíso, que "es muy probable que dado nuestro elevado nivel de contagios y casos activos nacionales, ya se hayan producido variantes chilenas".
32 centros capacitados
"Para fortalecer la vigilancia genómica, realizamos un catastro único junto al Consorcio universitario COV2 y la Sociedad de Genética de Chile, identificando 32 centros de investigación y universidades a lo largo de todo Chile, investigadores e investigadoras a cargo, además de la tecnología disponible y sus capacidades de secuenciación", dijo a Emol el ministro de Ciencias, Andrés Couve.
Esos centros que cumplen con una serie de criterios para poder apoyar la labor de secuenciación genómica, están dividos en el norte del país (3); centro (1); Región Metropolitana (18); centro sur (4); sur (5) y Magallanes (1).
Los centros, además del ISP, son: U. de Antofagasta, Universidad de Atacama, Universidad de Valparaíso, Universidad de Chile, Universidad Mayor, Universidad Católica de Chile, U. del Desarrollo, Universidad Andrés Bello, Universidad de Santiago, Fundación Arturo López Pérez , U. de Talca, Universidad de Concepción , Universidad de La Frontera (La Araucanía), Universidad Austral de Chile, Universidad de Magallanes y los laboratorios ADL Diagnostic Chile (Puerto Montt) y Laboratorio Clínico InnovoLab (Los Lagos).
En esta semana de reuniones, se podría definir cuáles de ellos se sumarán al convenio con el Ministerio de Salud.
Tres razones clave para avanzar en secuenciación genómica
¿Qué es la secuenciación genómica? "Es una herramienta que se utiliza para extraer el materia genético del virus, leerlo y conocer la constitución del mismo", explica la médica microbióloga de la Clínica U. Andes y ex presidenta de la Sochinf, Mónica Lafourcade. En definitiva, "al leer todo el material genético, se puede detectar cualquier cambio de la cepa original que nació en Wuhan", aclara.
"Necesitamos conocer qué pasa con los pacientes hospitalizado graves, de la mano de que la edad de ellos ha bajado. Necesitamos saber si hay una variante que está predominando en esos pacientes jóvenes, y para eso, necesitamos ampliar la capacidad de secuenciación".
Mónica Lafourcade, microbióloga Clínica U. Andes
La primera razón para avanzar en estos procesos de vigilancia -donde cada uno tarda entre 7 a 10 días- "es conocer precozmente si se ha introducido alguna variante nueva al país".
La segunda, "es ver cómo se mueve esta variante geográficamente y en el tiempo". Y, tercero, "ver si somos capaces de detectar las variantes en los testeos PCR," recordando que este mecanismo "detecta material genético del virus, por lo que si el virus cambia, puede que se altere la detección".
Lo más importante, explica Lafourcade, es que las muestras que se utilicen sean de buena calidad, es decir: "tener alta carga viral, que no sea congelada y descongelada muchas veces, y que el centro elegido tenga un secuenciador y suficiente personal capacitado".
La duda por los pacientes jóvenes graves
El descenso en la edad de pacientes UCI ha sido reportado desde al menos tres semanas por la autoridad sanitaria. Una de las razones en las que se ha consensuado, es que se trata de un efecto de las vacunas: al inocular primero a los adultos mayores, están haciendo cuadro menos graves, mientras los más jóvenes recién están adquiriendo protección.
No obstante, para la doctora Lafourcade también es importante investigar si las mutaciones tienen algo que ver con dicha tendencia. "Necesitamos conocer qué pasa con los pacientes hospitalizado graves, de la mano de que la edad de ellos ha bajado. Necesitamos saber si hay una variante que está predominando en esos pacientes jóvenes, y para eso, necesitamos ampliar la capacidad de secuenciación".
Avances en la Universidad Católica
La Universidad Católica de Chile es uno de los planteles que ha puesto a disposición sus laboratorios para colaborar con la secuenciación genómica del virus, con una capacidad de hacer alrededor de 24 genomas semanales.
Así lo detalla el doctor Rafael Medina, virólogo de la Facultad de Medicina UC, quien reitera la importancia de conocer si el genoma va cambiado. "Por ejemplo, hay una mutación conocida que es la 501, que se cree que tiene un efecto donde los receptores del virus se puede unir mejor a las células que infecta, y hay otras, que tendrían un efecto de evadir el anticuerpo que se genera después de una infección".
En el caso de la UC, y debido a la integración con la Red UC Christus y los laboratorios de diagnóstico disponibles, el trabajo ha permitido tomar muestras de pacientes covid positivo, "y hemos ido seleccionando con representación de espacio y tiempo, tratando de tener alguna representatividad por semana y por mes de algunas de las muestras positivas, eso está en proceso".
Además, en las últimas dos semanas se ha comenzado hacer identificación "con nuevos ensayos de PCR que son capaces de identificar las variantes ya conocidas, para tratar de entender por qué están circulando de manera más diseminada en la población". Eso sí, explica el doctor que "esto nos permite identificar lo que ya existe, no lo que aún no sabemos que está".
Por esto último, vuelve a confirmar la relevancia de la secuenciación genómica completa, para "identificar algo que sea distinto, y hacer la trazabilidad rápidamente, cosa que esa variante no se disemine".
