Por aquel entonces se llegó a publicar que Madonna mantenía una relación lésbica con la actriz Sandra Bernardht, así como encontró en la modelo Naomi Campbell a una amiga muy especial.
En el documental "En la cama con Madonna", ella misma habla de sus amoríos, incluido el que vivió con el actor Warren Beatty, con quien protagonizó en 1990 la película "Dick Tracy". El romance no llegó a buen puerto, especialmente debido a la indiscreción de Madonna.
El '92, fundó su propio sello, Maverick, a cargo de su novio de entonces, Freddy de Mann. Pese a sus difíciles inicios se convirtió en un éxito como todo lo que rodea a la artista.
Durante esos años, también, se le atribuyeron romances con Tony Ward, un modelo estadounidense con el que hizo el video "Justify my love" -el primer video censurado por MTV-, y con el jugador de básquetbol Dennis Rodman.
En 1996 protagonizó "Evita" junto a Antonio Banderas; se quedó prendada y lo comentó a la prensa, pero el galán español no quiso tener nada con ella. Sin embargo, ese mismo año, el 14 de octubre, tuvo a su primera hija, Lourdes María, con el cubano Carlos León, su entrenador personal. La relación duró sólo un año.
Se rumoreó que Madonna utilizó a Carlos sólo para lograr su objetivo de ser madre y que aprovechó su maternidad para dar un impulso a su carrera y estar de nuevo en el tapete. Además, que hizo firmar a su entrenador, previo pago de una cuantiosa cifra, un escrito que le otorga a ella la plena potestad respecto a la niña.
Después de romper con el cubano, mantuvo un romance con el joven director inglés Andy Bird y alquiló una casa en el lujoso barrio de Chelsea. También se le relacionó con el fallecido John Kennedy Jr.