En la primera fase, que se disputará sin los equipos brasileños y argentinos, los choques fueron determinados por la proximidad geográfica entre los países para evitar costos elevados en los viajes, determinándose en zona sur y zona norte, para la primera y la segunda ronda.
En la segunda fase ingresan los ocho equipos de Brasil, que se eliminarán entre sí, y lo mismo harán los seis de Argentina. Los ganadores de cada serie avanzarán a los octavos de final, donde ingresa también el campeón de la pasada edición: Universidad de Chile.
El elenco que se lleve el torneo se clasificará directamente a la Copa Libertadores (si no lo hizo antes), además de jugar por la Copa Suruga Bank en Japón y la Recopa Sudamericana, en todos los casos en 2013.
* Nota: En cada llave, el equipo ubicado en la primera línea es el que ejerce la localía en el partido de vuelta.
| G | Partidos | Ida | Vuelta |
| G44 | Millonarios |  |
vs. |  |
Tigre | 0 - 0 | 1 - 1 |
| G45 | Sao Paulo |  |
vs. |  |
U. Católica | 1 - 1 | 0 - 0 |
| G | Partidos | Ida | Vuelta |
| G1 | Inti Gas |  |
vs. | |
Millonarios | 0 - 0 | 0 - 3 |
| G2 | Emelec |  |
vs. |  |
Universidad San Martín | 1 - 0 | 1 - 1 |
| G3 | La Equidad |  |
vs. |  |
Mineros de Guayana | 0 - 1 | 1 - 2 |
| G4 | Deportivo Táchira |  |
vs. |  |
Barcelona SC | 0 - 0 | 1 - 5 |
| G5 | Deportes Tolima |  |
vs. |  |
Deportivo Lara | 3 - 1 | 0 - 0 |
| G6 | Deportivo Quito |  |
vs. |  |
León de Huánuco | 1 - 0 | 3 - 2 |
| G7 | Unión Comercio |  |
vs. |  |
Envigado | 0 - 0 | 0 - 2 |
| G8 | Monagas |  |
vs. |  |
Liga de Loja | 0 - 2 | 2 - 4 |
| G | Partidos | Ida | Vuelta |
| G9 | Danubio |  |
vs. |  |
Olimpia | 0 - 0 | 1 - 2 |
| G10 | Deportes Iquique |  |
vs. |  |
Nacional | 2 - 0 | 0 - 4 |
| G11 | Blooming |  |
vs. | |
Universidad Católica | 1 - 1 | 0 - 3 |
| G12 | Guaraní |  |
vs. |  |
Oriente Petrolero | 0 - 1 | 2 - 1 |
| G13 | Liverpool |  |
vs. |  |
Universitario de Sucre | 3 - 0 | 2 - 1 |
| G14 | Aurora |  |
vs. |  |
Cerro Largo | 2 - 1 | 0 - 0 |
| G15 | Tacuary |  |
vs. |  |
Cobreloa | 0 - 1 | 1 - 1 |
| G16 | O'Higgins |  |
vs. |  |
Cerro Porteño | 3 - 3 | 0 - 4 |
| G | Partidos | Ida | Vuelta |
| G17 | Guaraní | |
vs. | |
Millonarios | 2 - 4 | 1 - 1 |
| G18 | Bahía |  |
vs. | |
Sao Paulo | 0 - 2 | 0 - 2 |
| G19 | Envigado | |
vs. | |
Liverpool | 1 - 1 | 0 - 1 |
| G20 | Argentinos Juniors |  |
vs. | |
Tigre | 1 - 2 | 1 - 4 |
| G21 | Mineros | |
vs. | |
Cerro Porteño | 2 - 2 | 0 - 4 |
| G22 | Atlético Goianiense |  |
vs. |  |
Figueirense | 1 - 1 | 1 - 1 |
| G23 | Olimpia | |
vs. | |
Emelec | 0 - 1 | 0 - 0 |
| G24 | Gremio |  |
vs. |  |
Coritiba | 1 - 0 | 2 - 3 |
| G25 | Cobreloa | |
vs. | |
Barcelona | 0 - 0 | 3 - 4 |
| G26 | Universidad Católica | |
vs. | |
Deportes Tolima | 2 - 0 | 1 - 3 |
| G27 | Colón |  |
vs. |  |
Racing Club | 3 - 1 | 3 - 1 |
| G28 | Deportivo Quito | |
vs. | |
Aurora | 2 - 1 | 3 - 1 |
| G29 | Boca Juniors |  |
vs. |  |
Independiente | 3 - 3 | 0 - 0 |
| G30 | Liga de Loja | |
vs. | |
Nacional | 0 - 1 | 2 - 1 |
| G31 | Palmeiras |  |
vs. |  |
Botafogo | 2 - 0 | 1 - 3 |
| G | Partidos | Ida | Vuelta |
| G32 | Millonarios | |
vs. | |
Palmeiras | 1 - 3 | 3 - 0 |
| G33 | Gremio | |
vs. | |
Barcelona | 1 - 0 | 2 - 1 |
| G34 | Tigre | |
vs. | |
Deportivo Quito | 0 - 2 | 4 - 0 |
| G35 | Cerro Porteño | |
vs. | |
Colón | 2 - 1 | 1 - 2 |
| G36 | Sao Paulo | |
vs. | |
Liga de Loja | 1 - 1 | 0 - 0 |
| G37 | Emelec | |
vs. |  |
Universidad de Chile | 2 - 2 | 0 - 1 |
| G38 | Liverpool | |
vs. | |
Independiente | 1 - 2 | 1 - 2 |
| G39 | Atlético Goianiense | |
vs. | |
Universidad Católica | 0 - 2 | 3 - 1 |
Hora: 20:50
